追記 / カナダ政府からのお知らせ（2016年3月15日付）：

”As of March 15, 2016, visa-exempt foreign nationals who fly to or transit through Canada are expected to have an Electronic Travel Authorization (eTA). Exceptions include U.S. citizens and travellers with a valid Canadian visa. However, from March 15, 2016 until fall 2016, travellers who do not have an eTA can board their flight, as long as they have appropriate travel documents, such as a valid passport. Find answers to your questions about the leniency period.”

和訳：

”日本人を含むカナダビザ免除の国籍の方は、2016年 3月15日より、eTAを持っていることが求められます。米国市民、ビザ保持者はこの対象とはなりません。（eTA対象外のリスト） しかしながら、2016年 3月15日から2016年の秋まではeTAのない旅行者でも、旅行に必要な書類（パスポートなど）を保持していればeTAなしでも搭乗できることに緩和されました。この緩和に対する質問・回答はこちらから。”

ということで、2016年秋までは eTA を申請していなくても搭乗はできるみたいです。
もしかしたら搭乗の際に、eTA について知らない人が多すぎて混乱？！で、今回のような対応をとったのではないか・・・と LifeToronto スタッフは勝手に考えていますが、eTAの申請義務は変わりませんので、ちゃんと申請しておいてくださいね。

• eTA の申請は2015年8月1日から開始
• 2016年3月15日から施行
• 日本を含むビザ免除プログラム参加国の国民が対象
• 航空経由の入国が対象（陸、船などは対象外）
• eTA の申請はカナダ政府ウェブサイトからオンラインでできます
• 申請・取得代は7カナダドル
• 有効期間は5年間（期間中は何度でも入国が可能）。eTA 有効期間中にパスポートが切れた場合、eTA を再度申請・取得する必要があります
• カナダの permanent resident の方は eTA の取得は必要ありませんが、カナダへ入国する際、PRカードの持参が義務付けられます